Ainda de acordo com o Ministério Público, a fundação enfrenta uma grave crise econômico-financeira, com dívidas que superam R$ 389 milhões. A situação se agravou após o Superior Tribunal de Justiça (STJ) negar o pedido de recuperação judicial da fundação, sob o entendimento de que esse tipo de instituição não pode se valer desse mecanismo.
